Baza danych OMEGA-PSIR jest przechowywana w formie bazy XML-owej. Główną cechą XML-owej bazy danych jest zagnieżdżanie podstruktur jednego typu w strukturach innego typu (np. zagnieżdżenie profilu autora w strukturze publikacji. Implikacją tego są ważne właściwości systemu takie jak:
wersjonowanie rekordów
historyczność danych
koncepcja list głównych
Aby lepiej zapoznać redaktora z działaniem systemu w kontekście tego jakie narzędzia są do jego dyspozycji przedstawiamy w tej sekcji prezentację o strukturach danych w bazie OMEGA-PSIR.